Selepas tempoh operasi normal, elemen membran tercemar oleh pepejal terampai atau bahan refraktori yang mungkin terdapat di dalam air suapan. Dalam keadaan piawai prestasi sistem menurun sebanyak 10%, atau jelas terjadinya scaling atau fouling, ia harus segera dibersihkan. Secara kerap melakukan bilas air dan dos kimia untuk memulihkan prestasi elemen membran dan memanjangkan hayat elemen membran.
Sistem ini harus membilas sistem setiap 5 hari dalam jangka masa pendek, dan menutup injap selepas pembilasan untuk mengelakkan penyumbatan.
Sistem pemecahan jangka panjang (lebih daripada 30 hari), tambah penyelesaian natrium bisulfite 1% untuk mencegah pertumbuhan bakteria.
